殺菌的主要對象是肉毒芽孢螺旋桿菌，此種菌能產生對人體造成致命傷害的毒素，其屬耐熱性厭氧菌，在121℃環境中三分將鐘將失去生物活性，在100℃環境中6個小時左右失去生物活性。當然，溫度越高，該病菌存活時間越短。121℃殺菌時，食品中心F值達到4，食品中就不會檢測出肉毒芽孢螺旋桿菌，達到了商業無菌的要求。

所以對食品進行殺菌，溫度一般都會控制在121℃左右，溫度太高對食品的風味會產生不良影響。如果某點的溫度低于平均溫度，那么該點就不能達到預定的殺菌F值，這個點附近的食品就無法達到殺菌要求。這就要求殺菌鍋內各點在升溫時溫度必須迅速達到一致，保持各點F值高度一致，這樣才能迅速結束殺菌過程。降溫也要迅速，大限度減少殺菌流程時間。

    噴淋式殺菌鍋采用從設置于鍋內的噴嘴不斷的向被殺菌物噴射扇狀，帶狀的波動式熱水，熱擴散快且熱傳遞均勻。滅菌鍋采用模擬溫度控制系統，根據不同食品對殺菌條件要求，隨時設定升溫和冷卻程序，使每項一種食品均可在最佳狀態下進行滅菌，肉類熟食殺菌鍋從而避免了同于高溫高壓滅菌方式下熱損傷大的缺點。